La escuela de Posgrado fue creada con Resolución de Asamblea Nacional de Rectores N° 1423-2005-ANR, el 11 de diciembre del 2005, iniciando su oferta académica con la Maestría en Administración y Gestión Estratégica y Maestría en Informática Educativa, estando en vigencia la Ley Universitaria N° 23733.
Dentro de su autonomía académica, administrativa y normativa, fue incrementando programas de Posgrado, en respuesta a una demanda profesional creciente, manteniendo siempre su compromiso con la calidad educativa y el perfeccionamiento profesional.
En la actualidad, la Escuela de Posgrado se encuentra ubicada el Campus «San Antonio» de la UJCM – Moquegua, ofertando doctorados, maestrías, segundas especialidades, orientadas a desarrollar habilidades específicas para el crecimiento profesional y social.